System.IO.DirectoryInfoクラスのGetDirectories関数を利用します。
戻り値は同じくサブディレクトリのSystem.IO.DirectoryInfoクラスの配列です。

namespace ConsoleApplication1
{
    class Program
    {
        static void Main(string[] args)
        {
        	// Cドライブ直下のサブディレクトリ一覧を取得
            System.IO.DirectoryInfo dirinfo = new System.IO.DirectoryInfo(@"c:\");
            System.IO.DirectoryInfo[] subdir = dirinfo.GetDirectories();

            foreach (System.IO.DirectoryInfo info in subdir)
                Console.WriteLine(info.FullName);
        }
    }
}

■結果

c:\Documents and Settings
c:\HP
c:\HP old
c:\MSOCache
c:\Program Files
c:\RECYCLER
c:\src
c:\System Volume Information
c:\temp
c:\Tosutils
c:\WINDOWS
c:\win_tool
c:\WTL80